А глобальних налаштуваннях Joomla є опіція чи використовувати суффікс чи ні. Не впевнений, що буде відбуватись з лінком без і з суффіксом при ввімкненій протилежній опції.
От є схоже питання:
http://stackoverflow.com/questions/23103555/redirect-all-joomla-pages-to-html-via-htaccess
І ось по темі
http://dvlancer.com/67-redirect-pages-with-html-suffix.html
https://www.yireo.com/tutorials/joomla/joomla-administration/620-redirect-html-suffix-in-your-urls
А що каже JoomSEF-документація з цього приводу? Може там є опція відповідна?