спройбуте замінити наявний head.php на рідний з інсталяційного архіву Joomla і подивіться що буде. схоже що там не все ви повернули назад. І ще, у налаштуваннях системи увімкненно index follow?
бо якщо просто прибрати
<meta name="generator" content="Joomla! - Open Source Content Management" />
тобто вирізати або закоментити оцей шматок
/* Don't add empty generators
$generator = $document->getGenerator();
if ($generator)
{
$buffer .= $tab . '<meta name="generator" content="' . htmlspecialchars($generator) . '" />' . $lnEnd;
} */
то такого не буде як у вас. Я таке сто разів робив. А плагіни для цього ви не встановлювали часом? Може є плагін для видалення генератора та ще й генератор видалений.