Права на папки тут не причем. Скорее всего не верно настроили соответствие полей.
Можно переносить БД с товарами через CSV Improved, можно напрямую из базы в базу, если делать так, то учень удобно работать с Navicat, а не phpMyAdmin ( http://www.navicat.com/download )
Если товаров не много, можно перенести и руками. 150-200 товаров в день переносятся без напряга.
Если решили обновляться - посмотрите в сторону JoomShopping - он писался как компонент для Joomla, а не переделывался в компонент из отдельного движка магазина. Упростит жизнь в дальнейшем.
